早乙女研究所研发了宇宙开发用机器人—盖塔机器人。同时，过去在太古时期称霸地面的爬虫人类为了夺回地上的世界开始了侵略行动。然而盖塔机器人的动力来源，不明的宇宙放射线—盖塔线正是过去将爬虫人类从地面驱赶至地底的元凶。为了…

　　前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。